Conform Tratatului de pace de la București, semnat pe 16 / 28 mai 1812, Imperiul Rus, fără niciun drept istoric, etnic sau politic, a anexat jumătate din teritoriul Moldovei. Misiunea de a primi teritoriul anexat i-a fost încredințată amiralului P.V. Ciceagov, care a și fost împuternicit de autoritățile rusești să organizeze administrația Basarabiei.
La 23 iulie 1812 în funcția de guvernator civil al Basarabiei este numit Scarlat Sturdza, unicul localnic, ce a ocupat această funcție (până în mai 1813). În aceeași zi, P.V. Ciceagov semnează proiectul regulamentului de administrare a Basarabiei, întocmit de funcționari ruși, și îl trimite spre aprobare la Petersburg. La 2 august 1812, proiectul este semnat de către țar și pus în aplicație cu titlul „Constituția administrației provizorii în Basarabia”.
S-a declarat menținerea în Basarabia a legilor locale și a „limbii moldovenești”. Limba localnicilor era admisă, dar în paralel cu cea rusă. În condițiile în care la organizarea administrativă a Basarabiei au participat mulți funcționari ruși, care serviseră în armata dunăreană, iar mai târziu au venit și alții din guberniile centrale, limba română a fost pusă în condiții de inferioritate față de cea rusă. Iată de unde au pornit consecințele pe care le suportăm astăzi.
Basarabia, care, conform planurilor rusești, trebuia să devină și un loc de atracție pentru popoarele vecine, a fost transformată, în primii ani de stăpânire țaristă, într-o zonă dominată de samavolnicie și fărădelegi. Starea de tensiune dintre nobilimea locală și funcționărimea rusă, abuzurile și haosul ce dominau în activitatea administrației basarabene, situația deplorabilă a locuitorilor, a generat emigrarea lor în masă peste Prut. Autoritățile centrale de la Petersburg au fost nevoite să intervină pentru a redresa situația.
Noul guvernator A.N. Bahmetiev, care era și guvernator general al Podoliei, investit cu putere nelimitată a început activitatea prin înlocuirea funcționarilor locali cu cei aduși de dânsul de la Kameneț-Podolsk. S-au instituit noi instituții administrative: namestnicul plenipotențiar, Duma orășenească electivă, magistratul ș.a. Reorganizarea structurilor administrative din regiune (provincie) a pregătit terenul pentru introducerea în 1818 a unui nou regulament de administrarea a Basarabiei.
La 29 aprilie 1818, țarul Alexandru I a promulgat la Chișinău un nou regulament administrativ: „Așezământul obrazovaniei oblastei Basarabiei”. Caracterul specific al sistemului administrativ basarabean în perioada dată a fost determinat de instituirea Consiliului Suprem – organul suprem executiv, administrativ și judecătoresc al regiunii. De competența lui erau „toate treburile obștești”, funcții organizatorice, administrative, economice și judecătorești. La 28 mai 1823 a fost instituită Direcția vamală de circumscripție a Basarabiei (o filială vamală și la Sculeni), la Chișinău a fost instituit oficiul poștal regional ș.a.
La 30 octombrie 1818, s-a aprobat și noua structură administrativ-teritorială a regiunii, alcătuită din 6 ținuturi: Hotin, Iași, Orhei, Bender, Akkerman și Ismail (strict centralizate). Noile instituții și structuri, au fost copiate după cele din guberniile rusești, inclusiv și viciile caracteristice modelului rusesc de administrare (abuzuri, delapidări de bani publici, formalismul în abordarea problemelor).
La numai zece ani de la proclamarea autonomiei Basarabiei, autoritățile ruse adoptă o nouă lege de organizare administrativă a regiunii.
Prin promulgarea, la 29 februarie 1828, a „Așezământului pentru ocârmuirea oblastei Basarabiei”, asupra regiunii a fost extinsă legislația administrativă rusă referitoare la gubernii. În așa mod Basarabia a fost inclusă în componența guvernământului general al Novorosiei și Basarabiei. Primul guvernator general al Basarabiei a fost numit cinovnicul rus M.S. Voronțov, care supraveghea activitatea tuturor instituțiilor și respectării ordinii publice în gubernii.
Conform paragrafului 62 al „Așezământului” din 1828, limba română a fost eliminată din instituțiile basarabene. Numai în caz de necesitate se prevedea de a face traduceri în română. Astfel limba rusă a devenit obligatorie în administrație, fapt ce a contribuit la accelerarea procesului de denaționalizare a instituțiilor și populației din regiune.
În decembrie 1873 Basarabia a fost transformată, într-o ordinară gubernie rusească, cu sistemul administrativ respectiv. În fruntea ierarhiei administrative guberniale se situa după cum este cunoscut guvernatorul, declarat oficial „stăpânul guberniei”. Evoluția sistemului administrativ al Basarabiei în această etapă a fost marcată de introducerea, în 1869, a zemstvelor, în baza principiului electiv. La baza căruia erau două criterii: centrul de avere și apartenența socială. Prin dominația nobilimii de origine rusă în zemstva Basarabiei, ea devine un instrument de realizare de către autocrația rusă a politicii și intereselor ei.
Un regim administrativ deosebit a fost menținut în sudul Basarabiei. Pe o perioadă de 22 de ani (1856-1878), părți ale județelor Chișinău, Cahul, Akkerman și cârmuirea orășenească Ismail s-au aflat în componența Moldovei, apoi a statutului român modern. Aici în 1864 se realizează reforma administrativă, fiind create trei județe: Cahul, Ismail și Bolgrad. Selectiv, astfel se întruchipa sistemul administrativ al Basarabiei la hotarul sec. XIX și XX (1917) .
În concluzie, de menționat, că în funcție de politica externă a Imperiului Rus și interesele lui interne procesul administrativ al Basarabiei a evoluat de la statutul de autonomie fictivă până la statutul de gubernie rusească. În R. Moldova, unele partide antinaționale și astăzi încearcă să promoveze rămășițele trecutului gubernial.
